Nato a Joso (città creata a luglio del 2006 dalla fusione di Mitsukaido e Ishige) nella prefettura di Ibaraki da una madre insegnante d'arte. Alla scuola media fa parte del club della banda di ottoni senza mostrare una vera dedizione a tal riguardo. Ai tempi in cui studia in una scuola superiore a Hakusan si entusiasma nel leggere "Bataashi Kingyo" di Minetaro Mochizuki.
Dopo aver terminato gli studi in Giappone si reca negli USA dove frequenta l'università del sud Illinois lavorando nel frattempo come babysitter. All'età di vent'anni nel dialogare con un suo amico, venuto negli USA per studiare archeologia, scopre come sia stato influenzato dal manga Mster Keaton di Naoki Urasawa. Prima di allora Ishizuka non aveva mai conosciuto una persona tanto motivata e sapere come sia stato un manga a cambiare la vita di una persona è un qualcosa capace di scuoterlo nel profondo. In quegli anni si appassiona al jazz suonando la chitarra in un gruppo blues.
Rimasto affascinato dall'immensità delle montagne statunitensi segue il consiglio di un suo compagno di stanza e si trasferisce all'Università statale di San José per studiare meteorologia. Si esercita nelle arrampicate e dopo essere tornato in Giappone trova lavoro in una ditta, perdendo l'impiego dopo circa sei mesi in seguito alla chiusura dell'attività per fallimento.
Decide di dedicarsi ai manga, ma per quanto suo nonno fosse un abile intagliatore del legno dedito ai suoi lavori Shinichi, credendo di non avere l sua stessa passione, non ha mai disegnato nulla in precedenza. Si esercita copiando i disegni di due autori importanti, Kenshi Hirokane e Naoki Urasawa. Una volta perfezionato il suo stile nel 2001 decide di partecipare con il suo one-shot "The First Step" al premio annuale indetto dalla Shogakukan per gli esordienti vincendolo (categoria generale), debuttando poi con lo stesso lavoro nel 2002. La storia parla di uomo maturo Katsuki, innamorato di una collega senza sapere della sua relazione clandestina con un uomo sposato con figli.
Il premio lo sprona, abbandona il suo nuovo lavoro, quello di insegnante di inglese part-time, lavorando inizialmente, per circa sei mesi come assistente. Nello spiegare il motivo del suo licenziamento viene criticato per l'ardita scelta, ma queste parole fungono da ulteriore sprono ai suoi intenti. Dopo aver collaborato con Masaaki Nakayama inizia a lavorare, dal 20 settembre 2003 a uno dei suoi più grandi successi, "Gaku". L'opera ottiene un grandissimo successo di critica vincendo nel 2008 il premio Manga Taishō, nel 2009 il premio Shogakukan per i manga nella categoria generale e nel 2012 l'Excellence Award in occasione del 16° Japan Media Arts Festival. La storia dell'esperto di montagne ottiene una trasposizione in live action nel 2011 e termina nel 2012.
Il 2009 vede la nascita di alcune opere brevi dell'autore e nel 2013 Ishizuka sfrutta la sua conoscenza nell'altra grande passione della sua vita iniziando a serializzare "Blue Giant", un manga sul jazz dal 10 maggio 2013 con il quale conquista il suo secondo premio Shogakukan, sempre nella categoria generale, nel 2017. L'opera, dal grande successo, ottiene diversi seguiti negli anni successi e un adattamento animato nel 2023.
Ishizuka avrebbe voluto disegnare subito della sua grande passione del jazz, ma ha voluto prima dedicarsi a Gaku per convincersi di poter riuscire a raggiungere il pubblico con temi inusuali. Per quanto riguarda la sua passione per le scalate, la sua prima cima conquistata è il monte Tsukuba ma il suo monte preferito è il Grand Teton, la più alta cima del parco nazionale omonimo.
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