Yuka Shibata è nata il 3 novembre 1979 nella Prefettura di Yamagata, Giappone. Si è laureata presso la Multi-Media Art Gakuen, in seguito si unì alla Telecom Film, dove rimase per un anno e mezzo come parte del montaggio video in studio, prima di entrare in Gainax nel 2001. Fece il suo debutto in Gainax come animatore chiave dell'aime Mahoromatic, dove fu responsabile del finale, da parte dei produttori Satou Hiroki e Yamaga Hiroyuki.
Il 2002 vide il suo debutto come storyboarder e direttore delle animazioni sul remake di Sister Princess, RePure, dove fece la parte B degli episodi 6, 9 e 10, che la rese famosa tra gli appassionati di animazione.
Questo fu uno dei motivi per cui Daichi Akitarou la scelse nel suo team di produzione di Makasete Iruka OVA, dove fu responsabile per il Character Design e la direzione dell'animazione. Makasete Iruka ricevette un Excellence Award per l'animazione al Japan Media Arts Festival nel 2004. Nel 2011 lasciò la Gainax per entrare in Trigger.
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