L’Istituto Honnoji è una scuola stretta nel pugno di ferro del consiglio studentesco, guidato da Kiryuin Satsuki, che la controlla tramite una rigida gerarchia basata sul possesso di speciali uniformi capaci di dare poteri sovraumani a chi le indossa. Nell’istituto arriva Matoi Ryuko, una ragazza alla ricerca di indizi sull’assassinio del padre. L’unico in suo possesso al momento è la metà di un gigantesco paio di forbici, lasciata sulla scena del delitto dal colpevole. Ryuko si trova ben presto ai ferri corti col consiglio studentesco ma troverà, in un sotterraneo sotto casa sua, uno strumento essenziale per poterlo affrontare: un’uniforme senziente che le darà poteri pari se non superiori a quelli dei suoi avversari!

Sono passati sei mesi dagli avvenimenti della prima serie, da quando a Sousuke Sagara è stato assegnato l’incarico di proteggere Kaname Chidori. Sousuke, da sempre abituato a combattere e a vivere sui campi di battaglia, ancora non è in grado di adeguarsi alla normale vita scolastica del Liceo Jindai, Ogni situazione all'apparenza comune, si trasforma agli occhi del ragazzo in una possibile minaccia per la sua compagna di scuola che, dal canto suo, prova in tutti i modi a riportare l'amico con i piedi per terra senza però aver successo.

In una Tokyo contemporanea non troppo dissimile dalla realtà, la vita degli uomini scorre serena nonostante la minaccia dei ghoul, creature simili agli esseri umani ma che non possono nutrirsi di altro che di carne umana. Ken Kaneki, un giovane universitario timido e tranquillo, si trova adescato da una ghoul, Rize. Per un caso, o forse per mano di qualcuno, la caduta di alcune travi d’acciaio travolge lui e la sua carnefice. Ken, in fin di vita e incosciente, viene salvato grazie al trapianto degli organi di Rize, e da allora la sua vita cambierà: assumendo le caratteristiche biologiche dei ghoul, diventerà incapace di nutrirsi di cibo normale e ne sperimenta la fame devastante. Alienato e confuso, Ken rischia più volte di cedere agli istinti animaleschi dettati dalla fame, arrivando addirittura a un passo dal divorare Hide, il suo migliore amico.