Nato a Tokyo in Giappone con il nome di Noboru Okamoto. Si trasferisce nelle zone vicine ai villaggi di Kobe e Osaka a causa dell'attività paterna per tornare nella capitale nella primavera del 1938, per poi abbandonarla nuovamente con l'intensificarsi degli eventi bellici e spostarsi a Nakashioda nella prefettura di Nagano. Suo padre era il pittore Tōki Okamoto, attivo collaboratore della rivista Tokyo Puck. L'uomo, durante la seconda guerra mondiale, per il suo pensiero politico viene incriminato e processato. Il giovane figlio assiste in quegli anni ad avvenimenti molto crudi, capace di formarlo e influenzarne le successive opere.
Durante lo studio conosce il soldato Ushinosuke Shirato, da cui trae ispirazione per il suo celebre pseudonimo. Il padre, per via delle torture a cui è stato sottoposto dalla polizia speciale, inizia a soffrire della malattia di Pott, una forma di tubercolosi extrapolmonare. Per sostenere economicamente la famiglia Shirato inizia a svolgere diversi lavori, anche pesanti. Si trasferisce ancora, prima a Sanada e poi a Nishienden.
Lavora come disegnatore nei kamishibai teatrini di strada dove una voce narrante racconta una storia utilizzando scenografie di sfondo fatte di disegni su fogli di carta spessi. Prima dell'avvento della televisione era una forma di intrattenimento molto diffusa. Si dedica a tale attività assiduamente fino al 1955, l'inizio del suo declino, per morire nel 1956. Viene influenzato anche dall'ukiyo-e, un genere di stampa artistica giapponese
Nel 1946 torna a Tokyo e in quel periodo ha l'opportunità di leggere le opere di Osamu Tezuka. Per le ristrettezze economiche in cui versa è costretto ad abbandonare la Nerima Junior High School a metà del terzo anno. Inizia a lavorare nello studio di Shinichi Kaneno, un conoscente del padre, aiutandolo a copiare e colorare le storie illustrate di Soji Yamakawa.
Nel 1951, sotto la guida di Kaneno, crea uno spettacolo di racconti illustrati chiamato " Mr. Tomochan" utilizzando un diverso pseudonimo per l'occasione, Noboru. Nel 1955 si trasferisce a Kanamachi dove allestisce lo spettacolo di racconti illustrati " Kachiguri Kacchan" e inizia a convivere con altre persone. Soprannominato a quei tempi "Ichiji no San-chan", utilizza Sanpei completando il suo pseudonimo celebre e intanto ne usa uno ancora diverso per le sue attività, "Shin Kurokawa".
Collabora alle scenografie della neonata compagnia teatrale di marionette Tarouza, diventandone direttore artistico nel 1952 e nel 1956 si trasferisce a Itabashi dove sposa una delle attrici della compagnia, Haruko Lee (Mayumi Kobayashi). Collabora con la compagnia Tarouza sempre meno frequentemente fino al 1970. In quegli anni mostra un interesse verso il partito comunista giapponese offrendosi volontario per consegnare il giornale "Akahata" per un anno, un proposito a cui non diede seguito. Inizia la sua carriera come autore di manga professionista nel 1957, grazie all'incoraggiamento avuto da Maki Kazuma, diventando per un breve tempo suo assistente. Nell'agosto dello stesso anno debutta con "Kogarashi Kenshi". Si rivolge al mercato kashi-hon. Si tratta di un sistema di prestito a prezzi modici. Inizialmente si dedica a manga femminili, lavorando su temi come il razzismo ed eventi storici recenti come i bombardamenti atomici di Hiroshima e Nagasaki.
Si dedica a "Ninja bugeichou Kagemaruden - Kagemaru den - La leggenda di un ninja" (1959 - 1962). Con i suoi 17 volumi diventa un'opera senza precedenti. Successivamente si dedica a "Ninja Senpuu" (1959) e "Kaze no Ishimaru" (1960), due manga diventati celebri per un semplice motivo, sono le fonti su cui si basa Shounen ninja kaze no Fujimaru, il primo anime, del 1964, a trattare di ninja.
Dopo il breve "Akame" (1961) lavora a "Shīton Dōbutsuki" (1961 - 1963) con il quale vince il quarto premio Kodansha Children's Manga Award insieme a un'altra opera dell'autore, il più celebre "Sasuke" (1961 - 1966). Le avventure del piccolo ninja vengono pubblicate in due ondate, la prima termina nel del 1965 e la seconda riprende dal mese di maggio dello stesso anno per terminare il primo marzo del 1966. La serie riscuote un grande successo di pubblico arrivando alla trasposizione in anime di 29 episodi trasmessi a partire dal 1968.
L'autore riesce nelle sue opere a rappresentare realisticamente ed efficacemente il mondo dei ninja, mostrandoli molto abili ma senza eccedere in tecniche assurde. Nagai Katsuichi nel 1964 crea la rivista Garo proprio con lo scopo di promuovere i lavori di Shirato, dove inizia la serializzazione del fortunato "Kamui Den" (1964 - 1971) con i suoi successivi seguiti. Anni dopo crea una propria compagnia, Akame.
Muore all'età di 89 anni il giorno 8 ottobre del 2021 a seguito delle complicanze di una polmonite ab ingestis in un ospedale di Tokyo dov'era ricoverato. La notizia viene resa pubblica il giorno 26 ottobre dalla redazione di Big Comic, rivista seinen della Shogakukan. Tragicamente, quattro giorni dopo, il 12 ottobre, lo segue, a causa del peggioramento di un'interstiziopatia polmonare, il fratello minore, Tetsuji Okamoto, suo collaboratore. Nel corso degli anni ha potuto avvalersi dell'aiuto di moli collaboratori tra cui Goseki Kojima, Shouhei Kusonoki, Seiichi Ikeuchi e Haruo Koyama.
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