Nato a Kyoto, si dedica da ragazzo agli sport, baseball durante la scuola elementare per poi passare al calcio, sua vera passione di quegli anni, alle scuole medie. Si diploma alla Kyoto City Senior High School of Art e studia presso l'istituto scolastico Osaka Municipal College of Design. Lavora per diverso tempo come impiegato presso un'azienda di design e nel contempo partecipa con le sue prime opere a concorsi minori per esordienti, vincendo la competizione per due anni di seguito.
Diventa assistente di Ryō Koshino ai tempi in cui stava lavorando su NS' Aoi. Nel 2006 inizia la serializzazione di "Harujan". Il manga sportivo, basato sul salto con gli sci, vede la pubblicazione di un singolo volume. Nello stesso anno cura "GGG", incentrato su un misterioso anziano, sulla stessa rivista e sempre raccolto in un singolo volume.
Dal 6 dicembre 2007 serializza la sua opera di più grande successo "Uchu Kyodai - Fratelli nello spazio". Il manga riceve un ampio consenso di critica ottenendo nel tempo nel 2011 il 56° premio Shōgakukan per i manga nella categoria generale, nel 2012 il 35° Premio Kodansha per i manga (riconoscimento condiviso con "Un marzo da leoni" di Chika Umino) nella categoria generale e nel 2014 il "Reader Award" del 18° Premio culturale Osamu Tezuka.
Il manga ha ricevuto diversi adattamenti, un anime andato in onda tra il 2012 e il 2014 e un film live action nel 2012 con protagonisti Shun Oguri e Masaki Okada. Il 2 novembre del 2016 alcune sue tavole sono state spedite nello spazio a bordo del satellite Himawari 9, partito dal centro spaziale di Tanegashima.
Nel 2019 ha iniziato a disegnare digitalmente dopo aver saputo dei lavori digitali di Takehiko Inoue. Sposato con l'autrice di manga Coico Koyama. Nel tempo ha potuto avvalersi dell'aiuto di assistenti validi, diventati poi famosi come nel caso Shouichi Haga e Rou Teishi. L'asteroide 13163 Koyamachuya, scoperto nel 1995, prende il nome dall'autore.
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