Nata a Nakatsu, città giapponese della prefettura di Ōita. Il lavoro del padre, dedito alla progettazione, la influenza sviluppando interesse verso disegni e gli edifici. Interessata fin da piccola al folklore locale. Dopo essersi diplomata alla scuola superiore Nakatsu Minami si è laureata all'università Ōtani a Kyoto in studi buddisti. Durante gli anni scolastici è molto attiva nei club, soprattutto verso il club dei Misteri dell'Università di Kyoto, luogo dove conosce il suo futuro marito e altri nomi poi diventati illustri come Rintaro Norizuki.
Costretta, per motivi economici, ad abbandonare gli studi grazie alla conoscenza di un editore supera questo momento di difficoltà convincendosi di voler diventare una scrittrice professionista. Nel 1986 sposa Yukito Ayatsuji, celebre per aver scritto The Decagon House Murders e Another. Continua a scrivere utilizzando il cognome da nubile. Nel 1988 viene assunta dalla casa editrice Kōdansha in qualità di scrittrice, dove esordisce con il romanzo "Insonne alla Vigilia del Compleanno". Da quel momento scrive numerosi romanzi per l'editore e diverse serie come la celebre "Ghost Hunt" iniziata nel 1989 e completata con l'ottavo libro nel 1992. Il successo conseguito ne permette vari adattamenti: un manga, serializzato nella rivista Nakayoshi per un totale di 12 volumi, con un seguito, e una serie animata.
Nel 1992 nasce una delle sue serie più celebri "Juuni Kokuki - 12 Kingdoms", opera poi trasposta in una lunga serie di 45 episodi trasmessa negli anni 2002 - 2003. Il libro ottiene il premio Eiji Yoshikawa Bunko nel 2020. Tali adattamenti le permettono di farsi conosce a un vasto pubblico. Anche altri suoi scritti ottengono riconoscimenti, come nel caso del “Strani racconti di Tokyo” (“Tōkei Ibun”) giunto in finale al Japan Fantasy Novel Award del 1993) e "Zan'e" del 2012 pubblicato con la Shinchosha, noto in Italia con il titolo di "La casa impura", ottiene nel 2013 il premio Yamamoto Shūgorō
Nel 1998 pubblica "Shiki", altra opera di grande impatto sul pubblico, ispirato al romanzo di Stephen King Le notti di Salem . La storia, incentrata sugli abitanti di un piccolo villaggio isolato e della loro lotta contro i vampiri decisi a rendere quel luogo la loro base, viene adattata in un manga con disegni del bravo Ryu Fujisaki e serializzata su Jump SQ. Inoltre dal titolo è stato ricavato anche un serie anime, prodotta da Aniplex e Daume, trasmessa dal luglio al dicembre 2010 per un totale di 22 episodi, su Fuji TV nell'ambito del suo contenitore noitaminA e due OVA.
Uno degli ultimi adattamenti in manga di una delle sue opere è con "Eizen karukaya Kaitan", giunto in Italia con il nome di "Agenzia Karukaya e le case degli spiriti". L'opera realizzata insieme all'artista d'eccezione Kazue Katō narra di storie sinistre e malinconiche riguardanti gli edifici giapponesi. Le Cronache di Ambra, serie fantasy di successo, è il modello a cui l'autrice cerca di attingere per le sue opere. Gli adattamenti della sue opere giungono anche sul grande schermo, come per esempio grazie al film "The Inerasable".
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