Nato a Tanashi, città poi unita nel gennaio del 2001 a Hōya per formare l'attuale Nishi-Tōkyō. Suo padre, un repatriato dalla Manciuria, ha sofferto per le condizioni di vita precarie riuscendo in seguito a diventare un membro del partito comunista giapponese, per poi abbandonarlo per dissidi e disaccordi interni al partito. Quando il figlio aveva un anno, inizia a gestire uno studio contabile ma questo periodo non dura nel tempo e dopo il fallimento conduce tutta la famiglia nella povertà, cercando di rimediare come poteva in seguito.
Alle medie Otsuka si unisce al circolo dōjin Sakuga Group, (circolo ormai chiuso di cui faceva parte anche assistente dell'autore di manga Tarō Minamoto) durante il suo primo anno di liceo. L'anno seguente, nell'aiutare il suo mentore nelle scadenze, debutta scrivendo alcuni manga gag per case editrici minori. L'autore convincendosi di non aver il giusto talento abbandona la carriere di autore di manga prima di terminare le superiori. Visto le difficoltà economiche in cui versa decide di non proseguire gli studi ma grazie ai risparmi dei genitori frequenta l'università di Tsukuba dove segue le lezioni di folklore del docente Tokuji Chiba.
Dopo aver conseguito la laurea in antropologia nel marzo del 1981 sceglie di non specializzarsi, rammaricato per alcuni commenti di Miyata Noboru. Le idee di Otsuka, a sentire l'illustre esperto del floklore, erano ritenute inadatte all'ambito accademico. Inizia la sua vasta attività lavorativa, inizialmente come redattore part-time delle riviste Monthly Comic Ryū e Petit Apple Pie della casa editrice Tokuma Shoten, insieme all'autore di manga Yukio Sawada. Per un mese collabora proficuamente con l'autore di manga Shōtarō Ishinomori riuscendo a imparare molto da lui. In quel periodo lavora dal 1983 anche presso Byakuya Shobo, diventando redattore capo di Manga Burikko, un'importante rivista di manga a target femminile proprio quando viene usato per la prima volta il termine "otaku" e alla Kadokawa Media Office, una filiale della Kadokawa Shoten, dal 1986 al 1992. In questo lungo periodo pubblica una serie di libri e articoli sull'industria dei manga. Lavora anche nel dipartimento editoriale dell'importante rivista Animage.
L'autore viene coinvolto nel processo al caso di Tsutomu Miyazaki, un serial killer giapponese conosciuto come "l'assassino Otaku", nei suoi scritti sospetta di come il fotografo abbia voluto modificare l'ambiente in cui viveva per dare risalto ai passatempi screditandoli. In quel periodo elabora, nel suo libro del 1989 "A Theory of Narrative Consumption",(monogatari shōhi) la teoria del "consumo narrativo", dove per esporre il suo pensiero porta come esempio del consumo degli adesivi di Bikkuriman, dell'anime Happy Lucky Bikkuriman, parla di piccole e grandi narrazioni.
Eiji Otsuka è anche uno scrittore affermato di manga, dopo aver avviato una proficua collaborazione con Sho-u Tajima. Dopo "Madara" (1987-1997) manga adattato poi in una serie di due oav nel 1991 e videogiochi, lavora sul breve "Brothers" (1991 - 1992) e nel 1997 inizia la sua opera più celebre, "Tajuujinkaku Tantei Psycho - MPD Psycho", tutti pubblicati su diverse riviste ma sempre appartenenti alla casa editrice, Kadokawa Shoten.
MPD Psycho si rivela un grande successo con 4 milioni di copie in circolazione. La sua serializzazione è molto travagliata: iniziata su Shōnen Ace fino al 2007 poi viene spostata su Comic Charge fino alla cancellazione della rivista nel 2009 per poi essere spostata sulla neonata rivista Young Ace. La conclusione del manga subisce continui slittamenti, il primo annuncio prevede la sua conclusione al 21° volume, successivamente Tajima annuncia la conclusione con il ventiduesimo volume per poi tornare sulla sua dichiarazione e affermare del termine con il ventitreesimo volume. L'opera termina nel 2016 con 24 volumi totali, ottenendo anche un adattamento in live-action curato dal regista Takashi Miike di sei episodi del l 2000.
Nel frattempo la grande collaborazione termina a discapito della sorprendente fertilità creativa di Otsuka capace di spaziare nei generi. Con la collaborazione di tanti validi aiuti nei disegni realizza decine di opere, dai brevi "Koisuru Minzoku Gakusha" (2013 - 2019 disegni Chiharu Nakashma) e "Hakaishin Muhaa Jiruun" (2 volumi - disegni di Itsuki Hoshi) ai ben più lunghi Leviathan (1999 - 2005 disegni di Yū Kinutani ) e soprattutto Kurosagi Shitai Takuhaibin - Kurosagi Consegna Cadaveri" (disegni di Hōsui Yamazaki) . L'opera, iniziata nel 2000, trasferita dalla rivista Shōnen Ace a Young Ace a partire dal 2009, è la più lunga dell'autore.
Nel luglio 2007 ha conseguito il dottorato di ricerca dalla Kobe Design University dove intanto lavora. Nello stesso anno riceve anche il premio accademico della fondazione Kadokawa e in precedenza aveva ottenuto un altro riconoscimento prestigioso, il premio accademico Suntory.
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