Nato a Tottori, città giapponese e capoluogo della prefettura omonima, in una famiglia povera con tre figli. Il padre è un sarto e la madre svolge varie mansioni per sostenere la famiglia. Appassionato di manga sin da bambino, per via del suo precario stato di salute si ritrova con del tempo per scriverli e disegnarli. All'età di quattro anni rimane interdetto assistendo all'incendio della loro casa, il rogo viene ricordato come il grande Incendio di Tottori del 1952. L'evento verrà poi ripreso in uno dei suoi manga più celebri, "Chichi no Koyomi - Al Tempo di Papà".
Dopo il diploma liceale lavora per un anno come impiegato in un'azienda tessile a Kyoto. Deciso nel volere intraprendere la carriera di autore di manga, lascia il proprio lavoro trasferendosi a Tokyo nel 1996. Lavora inizialmente come assistente di due grandi autori del panorama giapponese dell'epoca, Kyuta Ishikawa e Kazuo Kamimura prima di diventare completamente autonomo. I suoi primi lavori non ottengono fortuna, con Kurorohorumu (Cloroformio), del 1970, partecipa senza fortuna al premio indetto ogni anno dalla rivista Big Comic della Shogakukan. L'opera breve parla di un ragazzo condotto in un luogo da incubo da dove cerca di fuggire. Nello stesso anno debutta con "Koe ni Naranai Tori no Uta" e successivamente ottiene con "Kareta Heya" il suo debutto su rivista, su Young Comic della casa editrice Shonen Gahosha.
Dopo aver scritto "Namae no nai dobutsutachi" ("Animali senza nome") nel 1975 inizia le sue collaborazioni. Dal 1978 cura diverse opere celebri di Natsuo Sekikawa come "Lindo 3!", "Jikenya Kagyou" e Tokyo Killers. Dal 1980 collabora con Garon Tsuchiya per "Live! Odyssey", "Blue Fighter" e il più conosciuto "Knuckle Wars - A mani nude". Nel 1987 inizia la serializzazione di una delle sue opere più note, "Bocchan no Jidai - Ai Tempi di Bocchan". Terminata nel 1996 la casa editrice Futabasha ne cura la pubblicazione dei cinque volumi. La storia, incentrata sulla vita di Natsume Sôseki, uno dei più noti scrittori giapponesi, riceve ampi consensi di critica, vincendo nel 1993 il premio dell'associazione degli autori di fumetti giapponesi nella categoria eccellenza e nel 1998 il gran premio al prestigioso premio culturale Osamu Tezuka.
Da quando si sposa inizia a collaborare con la moglie, definendo l'evento come decisivo per il suo lavoro. Le sue opere successive ritraggono principalmente momenti di vita ordinaria, con il suo stile realizza tra gli altri "Inu Wo Kau" Allevare un cane e altri racconti, un volume unico, pubblicato sulla rivista Big Comic della casa editrice Shogakukan. L'opera, scritta e disegnata da lui, ottiene il premio speciale della commissione d'esame al premio Shōgakukan per i manga nel 1992. Nel 2000 adatta il romanzo "Kamigami no Itadaki" di Baku Yumemakura, l'opera nota in Italia con il nome di "La vetta degli Dei" viene serializzata dal 2000 al 2003. Il manga si dimostra un successo di critica, ottenendo l'Excellence Prize al Japan Media Arts Festival del 2001 e il Best Art Award al Festival di Angouleme del 2005.
Taniguchi sottolinea l'importanza dei disegni nei manga, in quanto il senso visivo dell'essere umano è il primo a reagire nella lettura, le parole presenti e l'analisi del contesto vengono elaborate successivamente. In questa ottica il disegno può venire frainteso e trasmettere un messaggio distorto. Esprimendosi liberamente nei suoi lavori, caratteristica per lui essenziale, capita come nel caso di "Mahou no Yama" ("La montagna magica"), opera scritta dallo stesso Taniguchi e pubblicata nel 2005, di essere soggetto a pesanti critiche per i suoi lavori. Nel 2011 In Francia viene insignito dell'onorificenza Cavaliere dell'Ordine delle Arti e delle Lettere.
L'autore, capace di fondere il fumetto occidentale con quello orientale nelle sue opere, viene apprezzato maggiormente in Europa, soprattutto in Francia, dove spesso si reca, anche per lavoro. Diversi adattamenti dei suoi lavori provengono dai paesi europei come "Quartier lointain" adattamento di "Harukana Machi-E" noto in Italia con il nome di "In una lontana città / Quartieri lontani". La regia è curata dal belga Sam Garbarski, presentato in anteprima al Festival Internazionale del Film di Roma. Grazie ai tanti temi trattati nei suoi lavori alcuni di essi vengono adattati anche per il pubblico giapponese, come nel caso di "Kodoku no Gourmet" ("Gourmet" in Italia). L'opera, con i testi i di Masayuki Qusumi, riceve diversi adattamenti per la televisione: film, serie e speciali tutti in live-action, e una seria anime nel 2017. Muore l'11 febbraio del 2017 a Tokyo, all'età di 69 anni. La notizia viene riportata dal suo editore francese Casterman sui social.
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