Nato nel quartiere di Tokyo Katsushika si appassiona al disegno e allo sport fin dall'infanzia. Appena conseguito il diploma alla scuola metropolitana Minami Katsushika diventa, nel 1979, assistente dall'autore di manga Shinji Hiramatsu, ai tempi in cui curava Doberman Keiji e successivamente Rikki Taifuu.
Takahashi prova intanto a farsi pubblicare una sua opera. Uno dei suoi primi lavori è di genere fantascientifico, ma l'editor Haruhiko Suzuki notando il potenziale dell'autore gli consiglia dedicarsi allo sport. Da quel momento, seguendo il consiglio, continua a partecipare ai concorsi di Shueisha dedicati ai nuovi artisti. Tali lavori autoconclusivi sono a tema calcistico, tranne l'ultimo incentrato sul baseball. Il primo è "Yujo no Eleven", un lavoro di 31 pagine con il quale ottiene una menzione speciale in un concorso Weekly Shonen Jump, e tre scritte durante il 1979: "Onboro Angels", "Bancho Keeper" e "Akuyu Battery". Il suo lavoro con il tempo si perfeziona ottenendo il debutto ufficiale nel 1980 su Weekly Shonen Jump con la storia breve di 31 pagine "Captain Tsubasa". (Il celebre "Holly e Benji" negli adattamenti italiani), vincendo il decimo Fresh Jump Award. Nell'episodio pilota si riscontrano diverse differenze rispetto alla serie, come nel caso del nome del protagonista, inizialmente chiamato Tsubasa Taro.
La storia, incentrata sulle avventure calcistiche di Tsubasa Ozora (in Italia noto con il nome d Oliver Hutton), viene serializzata a partire dal 31 marzo del 1981 fino al 9 maggio del 1988 per la rivista Weekly Shōnen Jump della casa editrice Shueisha. Il suo sodalizio con il calcio e in particolare con il personaggio di Tsubasa è soltanto all'inizio. Il manga ottiene, dopo un inizio difficile, una grande fama mondiale. Molti calciatori celebri affermano di come siano stati influenzati nella loro carriera dalla sua opera. La serie ottiene una prima trasposizione animata a cura della Tsuchida Production di 128 episodi complessivi, a cui seguiranno molti altri adattamenti e rifacimenti nel corso degli anni. A curare il character design e la direzione delle animazioni della serie storica viene chiamato Nobuhiro Okaseko, si tratta della prima serie d'animazione dedicata al calcio mai realizzata.
Con il tempo scrive molte storie brevi dedicate agli sport più disparati, alcune raccolte in "100m Jumper" altre in speciali correlati sempre al mondo di Tsubasa. Nel 1993 Takahashi decide di realizzare un sequel del suo manga di maggiore successo, prima con la sua opera breve "Holland Youth" e poi "Captain Tsubasa World Youth Hen", incentrato sul mondiale U-20, altra storia lunga terminata con 18 volumi in totale. Dopo alcuni tentativi poco riusciti in altri manga torna a raccontare delle avventure di Tsubasa e dei suoi amici in "Captain Tsubasa Road to 2002", sulla rivista "Weekly Young Jump" dal gennaio del 2001 fino al 13 maggio 2004, per un totale di ulteriori 15 volumi. Nel 2002 la Nippon Animation gli chiede di dedicarsi a una serie calcistica diversa da Capitan Tsubasa. Il progetto diventa realtà con Hungry Heart, serializzato sul settimanale Weekly Shonen Champion della casa editrice Akita Shoten fino al 2005. La serie ottiene anche un adattamento animato di 52 episodi. Dopo aver terminato la serie successiva, Captain Tsubasa Golden-23 nel 2008 con 12 volumi, si dedica a due miniserie.
Nel dicembre 2013 comincia la serializzazione del travagliato "Captain Tsubasa Rising Sun." L'opera durante la sua pubblicazione cambia rivista e i problemi di salute dell'autore, ormai anziano, non gli consentono una cadenza regolare. Nel 2024. nel n. 19 di Captain Tsubasa Magazine, Takahashi annuncia ufficialmente il suo ritiro definitivo. Volendo concludere Rising Sun l'autore si impegna di continuarlo in forma di storyboard sul sito web di Captain Tsubasa World. L'autore nel corso degli anni si avvale dell'aiuto di diversi assistenti, poi diventati celebri, tra cui Nobuhiro Watsuki, Yasuhiro Koizumi e Kunikazu Toda.
L'autore sposa la doppiatrice Yōko Ogai celebre proprio per aver prestato la sua voce a Tsubasa Ōzora. Il matrimonio ha vita breve, la donna nel 2015 avvisa della sua conclusione sui social. Nel 2013 ha realizzato un sogno diventando il proprietario di una vera squadra di calcio. La Tokiwa Club è stata ribattezzata in Nankatsu SC per celebrare Takahashi e la squadra di calcio protagonista del suo manga (nota in Italia come New Team). Vari sono gli onori acquisiti grazie alla sua notorietà in campo sportivo, come essere stato celebrato nel 2023 apparendo nella Japan Football Hall of Fame, figurando tra i nomi più significativi nella storia del calcio giapponese. I riconoscimenti ottenuti sono di vario genere, diventando anche cittadino onorario della città di Katsushika, luogo reso celebre proprio per i suoi manga e dove sono presenti alcune statue di bronzo dei vari protagonisti di tali opere.
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