Nato a Iruma, città giapponese della prefettura di Saitama. Figlio di musicisti, per il suo carattere solitario, diventa vittima di atti di bullismo da bambino. Alle elementari non legge manga, nessuno in famiglia li compra e non ha altro modo per riuscirci. Alle medie la situazione non cambia e inizia a disegnarli lui stesso. Si convince nel diventare autore di manga in quanto non ritiene di avere le capacità per diventare un buon impiegato.
Per il suo stile particolare trova difficoltà a trovare una rivista adatta ai suoi lavori. Nel 2000 con "Rubbing Dead" vince il 51esimo Premio Speciale della Giuria al premio Tenkaichi con giudice Nakaba Suzuki (un concorso istituito dalla Shueisha svoltosi dal 1996 al 2003). Diventa assistente di Yoshio Sawai, l'autore del manga "Bobobo-bo Bo-bobo".
Dal febbraio del 2005 fino all'aprile del 2009 pubblica la sua prima opera di successo, "Majin Tantei Nōgami Neuro - Nôgami Neuro, Investigatore Demoniaco", continuando a collaborare con la casa editrice Shueisha. Il manga ottiene una trasposizione in un anime di 25 episodi a cura dello studio Madhouse e trasmesso dall'ottobre del 2007 al marzo del 2008. A partire dal luglio del 2012 fino al marzo del 2016 lavora per la sua opera più celebre, "Assassination Classroom".
Il manga ottiene un grande consenso di pubblico con oltre 25 milioni di copie in circolazione, guadagnandosi diversi adattamenti tra cui serie animate e film in live action, dove Kazunari Ninomiya interpreta il doppio ruolo, quello di Koro Sensei, il docente polipo e quello di Shinigami, uno dei nemici da affrontare. Negli USA questa serie fa molto scalpore. Per via delle molte lamentele per le tematiche espresse, come l'incitamento alla violenza nell'opera, il testo viene tolto dalle librerie scolastiche Glifford Middle School della Florida, Elmbrook School District del sud-est del Wisconsin , bandito nella Contea di Pender nella Carolina del nord e successivamente anche dal distretto scolastico della Contea di Horry nella Carolina del Sud.
Dopo essersi dedicato ad alcuni one-shot Rikon Choutei (2009) e F-Ken (2019) a partire dal 2021 torna con "Nige Jouzu no Wakagimi", più celebre in Italia con il nome di "The Elusive Samurai" e nel 2024 viene trasposto in un breve anime. Il manga incontra il favore della critica conquistando il 69° Shogakukan Manga Award. Nel corso della sua carriera ha potuto avvalersi dell'aiuto di molti assistenti validi come Tei Ashigaki, Daisuke Enoshima (Fabricant 100) e Yuuki Kawaguchi (Red Hood).
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