Nato con il nome di Kazuo Takahashi a Tokyo. Da bambino, per via di problemi legati alla sua costituzione debole, trascorre molto tempo a casa. In quel tempo libero vede in televisione anime come "Uchuu Senkan Yamato - Space Battleship Yamato" e "Tiger Mask - L'Uomo Tigre" e altri, cercando di disegnare i robot visti in tv e legge le opere di Fujiko Fujio.
Verso lo studio non mostra alcuna passione, tanto da venire umiliato in un'occasione da un docente. Pratica tennis presso il club scolastico e svolge piccoli lavori part-time in negozi e bar aperti 24 ore su 24. Nel suo secondo anno di scuola superiore prova a passare l'esame per diventare un animatore per la Tezuka Productions non riuscendoci, per via del suo stile ancora acerbo.
Rinunciano alla strada di animatore inizia a lavorare come designer di loghi e banner, curando anche quelli delle slot machine. Kazuki non abbandona il suo sogno di diventare un autore di manga. Diventa asistente di Yasuichi Oshima e nel 1981 utilizzando lo pseudonimo "Hajime Miyabi" riesce, con il suo one-shot "Ing! Love Ball" a vincere lo "Shogakukan Newcomer Comics Award", premio per gli esordienti istituito nel 1978.
Per lo stile di vita condotto in precedenza si ritrova in condizioni di povertà, i debiti con le varie compagnie gli hanno lo privano di corrente elettrica e telefono. L'autore di "Hajime no Ippo", George Morikawa, nel fargli visita ricorda il pavimento marcio tanto da dover fare attenzione per ogni passo. La sua prima serializzazione avviene nel 1986 con Gō-Q-Chōji Ikkiman, adattamento dell'anime sportivo televisivo omonimo, pubblicato su Weekly Shōnen Magazine della Kodansha.
I compensi ottenuti dalla rivista non gli permettono di sanare la sua situazione finanziaria, per questo si rivolge alla Shueisha. I suoi primi lavori non riscontrano un grande favore del pubblico, tanto da considerare i suoi lavori dei continui insuccessi : prima pubblica il suo one-shot Tokiō no Taka nel 1990 sulla Weekly Shōnen Jump e successivamente sulla stessa rivista serializza Tennenshoku Danji Buray (1991 - 1992).
Alla continua ricerca del grande successo cambia continuamente pseudonimo fino a quando utilizza "Kazuki Takahashi" per "Yu-Gi-Oh!" (1996 - 2004). Nutrendo una forte passione per vari giochi come shōgi, mahjong, ai giochi di carte e in generale ai giochi di ruolo da tavolo, sceglie di utilizzare un sistema dove si duella con il nemico attraverso il gioco e non direttamente. La risposta del pubblico sorprende l'autore, portando all'iniziale storia breve concepita a una lunga serializzazione. L'opera diventa in poco tempo un grande successo, non solo di vendite, con i suoi 40 milioni di copie in circolazione, ma soprattutto per quanto riguarda il media franchise e il merchandising collegato, in particolare per il gioco di carte collezionabili sviluppato dalla Konami. Basti considerare come sia entrato nel Guinness World Record come "gioco di carte collezionabili più venduto della storia", con oltre 25,1 miliardi di carte vendute nel 2011.
Il manga riceve numerosi adattamenti animati, il primo dei quali nel 1998. Una volta terminato il manga originale supervisiona le varie opere collegate realizzate dai suoi assistenti, come "Yu-Gi-Oh! R" di Akira Itō, "Yu-Gi-Oh! GX" di Naoyuki Kageyama e "Yu-Gi-Oh! 5D's" di Masashi Satō .
Nel 2013 torna, dopo circa nove anni, a lavorare su un one-shot: "DRUMP" viene pubblicato nel 49° numero di "Weekly Shonen Jump" segnando l'inizio del suo ritorno. Nel 2018 Takahashi lavora su "The Comiq", apparso sempre su Weekly Shōnen Jump e successivamente, per una collaborazione tra Shonen Jump+ e la Marvel Comics, pubblica un breve one-shot dal titolo SECRET REVERSE. L'organizzazione statunitense Comic-Con International gli conferisce nel 2015 il premio Inkpot (istituito nel 1974).
Verso le 10 e mezza del mattino del 6 luglio 2022, un'imbarcazione nota un cadavere galleggiare a circa 300 metri al largo della costa di Awa, nella città di Nago, nella prefettura di Okinawa. Dopo la segnalazione accorre la guardia costiera. Al ritrovamento il corpo indossa una maglietta nera, una maschera subacquea, un boccaglio e delle pinne, la corporatura e statura è nella media. Il giorno successivo le prime indagini confermano l'identità di Takahashi e per quanto riguarda la data del decesso si è stabilito inizialmente fosse da uno o due giorni prima. Takahashi era in visita a Okinawa da solo e aveva dimenticato la patente di guida nell'auto a noleggio su una strada di campagna nel villaggio di Onna, a circa 12 chilometri dal luogo dove poi è stato ritrovato il corpo.
A far luce sull'accaduto interviene Robert Bourgeau, militare e istruttore di immersioni subacquee, in una dettagliata intervista apparsa sul giornale statunitense a tema militare Stars and Stripes. Il 4 luglio l'autore di manga, nel tuffarsi volendo aiutarlo a salvare tre persone in difficoltà (una ragazzina di undici anni, sua madre e un soldato statunitense), a circa 100 metri dalla costa, presso la Grotta della Sirena del villaggio di Onna, viene trascinato dalla corrente. L'autopsia rivela come causa del decesso l'annegamento e come la morte sia sopraggiunta nel pomeriggio del 4 luglio. Sul suo corpo sono stati ritrovati segni di morsi post-mortem.
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