La vicepresidente di Production I.G Maki Terashima-Furuta, nel corso dell'Anime Expo, ha annunciato che la rock band giapponese The Pillows tornerà ad occuparsi delle musiche del sequel, dopo essersi già occupati dell'OST dei 6 OVA del 2000 prodotti da Gainax.
 

Terashima-Furuta ha anche annunciato che alla supervisione della nuova serie ci sarà Katsuyuki Motohiro, confermando inoltre il ritorno del character designer originale Yoshiyuki Sadamoto. Presenti all'incontro vi erano anche Jason DeMarco del canale USA Adult Swim con il regista della serie originale Kazuya Tsurumaki e la doppiatrice di Haruko, Mayumi Shintani.
 
Nella nuova serie di FLCL, sono passati molti anni dall'avventura a cui Naota e Haruko Haruhara hanno partecipato insieme. Nel frattempo, infuria per tutta la galassia la guerra tra le due entità conosciute come Medical Mechanica e Fraternity. La giovane Hidomi pensa non ci sia nulla di speciale da aspettarsi dalla sua normalissima vita, almeno finché nella sua scuola non arriva una nuova insegnante chiamata Haruko. Ben presto, la Medical Mechanica attacca la sua città e Hidomi scopre dentro di lei un segreto che potrebbe salvare tutti, un segreto che solo Haruko può riuscire a sbloccare...
Ma per quale motivo Haruko è tornata sulla Terra? Che ne è stato del suo Rickenbacker 4001 che ha lasciato con Naota? E dov'è finito il robot-umanoide Canti?

Lo scorso marzo, Toonami, contenitore dedicato all'animazione giapponese del canale televisivo statunitense Adult Swim, annunciò che si sarebbe occupato della coproduzione, insieme a Production I.G, di un sequel in 12 episodi di FLCL. I dodici nuovi episodi, divisi in due brevi "stagioni" da 6, saranno trasmessi sull'emittente americana tra la fine del 2017 e l'inizio del 2018.

Fonte consultata:
Anime News Network