Nato a Nakamura, città giapponese situata nella prefettura di Kōchi. Consegue la laurea al Japan Electronics College. Lavora inizialmente per la Toaplan fino al suo fallimento venendo trasferito nel 1994 insieme ad altri colleghi alla società Gazelle, per poi dedicarsi, a partire dal 1996, alla CAVE Interactive Co., Ltd. dove svolge diverse funzioni, tra cui quella di graphic designer e direttore.
Nel 2001 lascia l'azienda per cui lavorava per dedicarsi completamente ai manga. Debutta nel 2002, con la sua opera "Otogi Matsuri" (2002 - 2008). Terminata la prima pubblicazione si dedica alla sua serie di maggior successo, "BTOOOM!" (2009 - 2018), serializzato inizialmente sulla rivista Weekly Comic Bunch per poi essere trasferito su Monthly Comic @ Bunch dal 21 gennaio 2011. La serie ottiene uno spin-off e un adattamento animato.
L'autore nel realizzare il manga non si preoccupa di un suo adattamento in videogioco, nel qual caso a suo dire sarebbe dovuto cambiare molto per avere successo. Inoue non mostra interessa verso un adattamento animato ma solo in quello eventuale di un live action; le sue parole trovano riscontro nei non soddisfacenti risultati dell'app game e delle vendite in home video, di appena 338 copie in Giappone, requisiti richiesti e non soddisfatti per un seguito dell'anime.
Altri suoi lavori includono: "Shimanto Kaikitan" (storia a cura di Fumio Sako), "La Vie en Doll" (2013 - 2016) e dal 2020 inizia la lunga serializzazione di "Kaijuu Jieitai: Task Force for Paranormal Disaster Management".
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