Nato a Kamata, (la zona, dopo la fusione 15 marzo 1947 con Ōmori, prende il nome di Ōta) quartiere di Tokyo come primogenito in una famiglia dedita, all'epoca, alla gestione di una macelleria. A causa del cambiamento del lavoro del padre si trasferisce nella prefettura di Chiba per poi risiedere stabilmente, a partire dal 1982, in quella di Ibaraki.
Diverse opere lo stimolano e influenzano da quando era bambino: rimane affascinato da "Mobile Suit Gundam" e incantato dai lavori di Rumiko Takahashi. Si dedica al disegno dei manga, curandoli a partire dalle elementari. Nel 1984, ai tempi in cui frequenta il terzo anno di liceo alla scuola superiore di Tsukuba della prefettura di Ibaraki, presenta la breve opera di fantascienza "Kikai" al 15° Shogakukan Newcomer Comic Award riuscendo a venire pubblicato sulla rivista Weekly Shōnen Sunday. Frequenta la Tokyo Designer Academy e si dedica a diverse opere brevi autoconclusive.
Nel 1990 dopo aver raccolto spunti interessanti inizia la serializzazione della sua opera più celebre, "Gunnm" meglio conosciuta con il nome di "Battle Angel Alita" o più semplicemente "Alita". La serie cyberpunk è incentrata sul misterioso personaggio femminile senza nome, alla ricerca della sua identità e delle sue origini. L'opera viene serializzata su Business Jump per la casa editrice Shueisha terminando nel 1995 per un totale di 9 volumi. Le sue opere successive sono "Ashen Victor", storia ambientata nello stesso universo di Alita, e "Aqua Knight", serie poi sospesa al terzo volume, per quanto l'autore affermi la sua intenzione di ritornare sull'opera.
Kishiro non si ritiene soddisfatto del finale di Alita e intende modificarlo per continuare la storia. Grazie a tali modifiche nasce "Battle Angel Alita: Last Order" inizialmente sulla rivista Ultra Jump. Durante la stesura dell'opera viene contattato dal suo editore, alcuni termini presenti nel manga originale devono essere cambiati in quanto ritenuti poco adatti per la nuova ristampa prevista. La richiesta infastidisce l'autore, concentrato sul suo nuovo lavoro, convincendolo a cambiare rivista. Dal 2011 e fino al suo termine Last Order viene serializzato sulla rivista Evening della casa editrice Kodansha. Nel 2019, grazie anche all'interessamento di James Cameron, la sua opera viene adattata per il grande schermo con il nome di "Alita: Battle Angel". Il film in live-action ottiene consensi di pubblico e critica.
Nel 2015 inizia la nuova parte delle avventure di Alita con "Battle Angel Alita: Mars Chronicle" sempre su Evening. In questa serie mostra eventi futuri ma soprattutto il lontano passato della protagonista. Suo fratello lo aiuta nel lavoro come assistente. Oltre ai manga si è occupato anche di alcune illustrazioni.
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