Nato a Yokohama, capoluogo della prefettura di Kanagawa. Da bambino rimane colpito nel leggere Dr. Slump di Akira Toriyama e Hokuto no Ken (Ken il guerriero). In quegli anni viene coinvolto per due volte in incidenti stradali: la prima volta viene colpito da un auto mentre stava andando al parco e successivamente fa un secondo incidente quando stava in auto con la sorella. In entrambe le occasioni non riporta gravi conseguenze. All'età di 16 anni decide di diventare un autore di manga, alla decisione i genitori non si oppongono. Studia alla scuola superiore Suginami e frequenta l'università Chuo. In seguito diventa assistente di Shin Morimura ai tempi in cui lavora per Kangaeru Inu, sposandosi durante quel periodo.
Debutta nel 1999 con il manga di fantascienza "Planetes" terminandolo nel 2004. L'opera riscontra un notevole successo di critica ottenendo il Seiun Award 2002 per il miglior fumetto di fantascienza. Il manga ottiene anche un adattamento in una serie televisiva trasmessa dal 4 ottobre del 2003 fino al 17 aprile del 2004 sulla rete televisiva NHK. Anche tale trasposizione ottiene il Seiun Award nel 2005.
Il 13 aprile del 2005 inizia la serializzazione di "Vinland Saga", la sua opera più celebre. Iniziata sulla rivista Weekly Shōnen Magazine sempre della casa editrice Kodansha, per poi spostarsi sulla rivista mensile Afternoon, cambiando anche categoria di riferimento, da shounen a seinen. La serie ottiene un grande riscontro di pubblico e di critica, vincendo il Japan Media Arts Festival Grand Prize 2009 nella categoria manga e nel 2012 il 36° Kodansha Manga Award nella categoria generale. Nel mese di aprile del 2024 annuncia di essere vicino alla conclusione dell'opera. Il manga ottiene diverse trasposizioni animate: alla prima del 2019 di 24 episodi segue una seconda del 2023 di altrettanti episodi. La storia narra dei vichinghi, ispirandosi a personaggi realmente esistiti e alle loro vicende, a partire dal protagonista Thorfinn. La prima serie animata ha il pregio di coprire alcune lacune lascate nei capitoli iniziali dell'opera
L'autore di manga Masayuki Ishikawa è un suo caro amico. Nelle note lasciate da Yukimura si apprende di come il suo secondo figlio sia nato nel 2006 e della successiva nascita del terzo figlio.
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