Nato nel quartiere di Shibuya nella città di Tokyo non brilla durante gli anni scolatici, interessandosi maggiormente al disegno. Dopo il diploma Incontra Rando Ayamine riuscendo a diventare suo assistente ai tempi in cui lavora su "Get Backers". La proficua collaborazione dura due anni.
Nel dicembre 2000 vince con la sua opera "Kazuyoshi no Bone" un premio indetto da Enix (in seguito chiamata Square Enix ) e viene pubblicato su Monthly Shōnen Gangan. L'anno successivo ottiene la sua prima serializzazione sulla rivista Shounen Gangan della casa editrice Square Enix con "B. Ichi", l'opera viene completata nel 2003.
Dopo averlo terminato inizia Soul Eater, una delle sue opere più celebri. L'opera nasce come oneshot pubblicato nel mese di giugno su Gangan Powered. Gli succedono altri due brevi racconti autoconclusivi incentrati su due dei vari protagonisti. Le avventure degli simpatici per quanto eccentrici studenti della Shinigami buki Shokunin Senmon conquistano il grande pubblico ottenendo una lunga serializzazione dal maggio del 2004 fino al 2013. A partire dal 2011 scrive parallelamente anche lo spin-off "Soul Eater Not!", opera molto più breve, terminata nel 2014 con 5 volumi pubblicati. Il grande successo porta vari adattamenti della sua opera, la serie animata in particolare, di 51 episodi trasmessa a partire dal 2008, mostra un finale diverso rispetto al manga originale.
Dal 2015 Ōkubo inizia la lavorazione su "Fire Force", (Enen no Shouboutai) la sua seconda opera di successo. La storia dei pompieri dotati di abilità soprannaturali si conclude il 22 febbraio 2022 dopo quasi 7 anni di serializzazione e con i suoi 34 volumi complessivi diventa la sua opera più lunga. Il manga ottiene un buon riscontro anche di critica, venendo nominata al 45° premio Kōdansha per i manga, categoria Shōnen nel 2021 (vinto poi da "Blue Lock" di Muneyuki Kaneshiro e Yūsuke Nomura). Il manga viene adattato in diverse serie televisive, rappresentazioni teatrali e videogiochi.
L'autore non si limita al mondo dei manga lavorando anche come character designer soprattutto per alcuni videogiochi, ma anche per la serie animata iniziata nel 2023 "KamiErabi God.app.". Ispirato per le sue opere da Tim Burton e Akira Toriyama, tratta nei suoi scritti frequentemente del tema della follia, esplorandola a più riprese nei suoi lavori e venendo considerata come espressione dell'insicurezza delle persone.
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