Nasce e cresce in una città di campagna del Giappone con suo fratello maggiore. Fin da bambino mostra un grande interesse verso i manga, copiando le immagini di " Kinnikuman" dei Yudetamago e " Fist of the North Star" di Buronson, senza mai mostrare l'intenzione di seguire la strada per diventare un professionista.
Disegna fumetti a quattro vignette sui bordi dei quaderni scolastici e inventa particolari di "Saint Seiya" di Masami Kurumada. Legge le riviste comprate dal padre e dal fratello. Da studente non suona alcun strumento musicale ma si esercita nel kendo. Dopo essersi diplomato frequenta un'università molto lontana dall'abitazione dei genitori. In quei giorni incontra un ragazzo, membro di un club sui manga, tanto entusiasta da trasmettere a Naoshi la voglia di disegnare una vera opera e tentare di pubblicarla. Approfittando dell'occasione, dopo avergli chiesto e ottenuto molte informazioni, inizia a disegnarli da solo a casa.
Partecipa al Monthly Shonen Magazine Challenge Grand prize senza fortuna. Debutta nel 2007 con "Tsumetai Kousha no Toki wa Todomaru" (2007 - 2009), adattamento della serie di romanzi di Mizuki Tsujimura.
La sua prima opera originale è "Sayonara Football" (2009 - 2010), dove si parla di una giovane ragazza appassionata di calcio. Per la protagonista l'autore si è documentato sulla sposrtiva Homare Sawa. Il manga riscuote un buon successo di critica, venendo candidato al premio "Mangawa", categoria shonen nel 2017. La sua opera successiva, "Shigatsu wa Kimi no Uso" più noto con il nome di "Bugie d'Aprile" (2011 - 2015). L'opera nasce da un'idea concepita da tempo, da un suo precedente oneshot. Tra i suoi intenti iniziali nel realizzare l'opera c'è quello di far piangere il suo responsabile editoriale, Shinichi Eda, riuscendo infine nell'impresa.
Rimasto impressionato da un'immagine di una violinista, vista durante un programma televisivo si affida al suo editor, esperto di violino. L'opera conquista il favore della critica venendo nominato nel 2012 al 5° Manga Taisho Award e vincendo il 37° premio Kodansha nella categoria miglior shonen manga. Grazie anche ai consensi del pubblico, arrivando a superare i 5 milioni di copie in circolazione l'opera ottiene diverse trasposizioni, tra cui una serie anime e un film in live-action nel 2016.
Terminata l'opera, l'autore desidera creare un qualcosa di frenetico, la scelta ricade nuovamente sul calcio femminile con "Sayonara Watashi no Kramer" (2016 - 2020). Il manga ottiene una trasposizione animata nel 2021. Altri suoi lavori includono "Atwight Game" (2022 - 2023) e "Banjou no Orion".
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