Nato a Tokyo, si diploma alla Tokyo Metropolitan Musashi Senior High School & Junior High School. Cerca lavoro da quando frequenta il quarto anno di scuola superiore, ma per via della sua natura, pigra e svogliata, fa domanda solo a particolari tipi di lavoro, come lavorare in una casa discografica e similari, e le sue candidature vengono sempre rifiutate. Quando entra all'università invia un manoscritto per il premio Edogawa Rampo, per romanzi gialli inediti, senza successo.
Consegue la laurea all'università di Waseda, facoltà di economia e scienze politiche nel 1987 e nello stesso anno entra a far parte della rivista Weekly Shonen Magazine della casa editrice Kodansha. Trascorre il tempo alla scoperta di nuovi talenti partecipando agli eventi doujinshi. Svolge questa attività fino al 1999, ma intanto inizia già a pubblicare i primi manga.
Nel 1988 scopre il talento di Tetsu Adachie insieme presentano "white album" con cui vince il primo premio al Newcomer Manga Award. L'opera viene inizialmente cancellata dopo dodici settimane di serializzazione, ma ne servono altre due per completarlo davvero, insiste nel proseguire incontrando sguardi gelidi come monito.
Grazie al supporto di un collega, suo futuro redattore, riesce a convincere la dirigenza della rivista nel proseguirlo. Kibayashi è consapevole di dover ottenere un ampio margine di riscontro tra il pubblico per giustificare tale insistenza, il suo futuro è in pericolo, per questo rimane sveglio tutto la notte per ottenere il massimo dall'opera. L'ultimo capitolo, nel sondaggio della popolarità, si classifica al primo posto, gli sguardi cupi di un tempo si tramutano in sorrisi.
Nel corso della sua carriera utilizza diversi pseudonimi, per diversi generi letterari, nel tempo lavora anche con la sorella, Yūko Kibayashi. Scrive diversi romanzi come "Tokyo Genji Monogatari" e ottiene fama grazie ai vari manga a cui si dedica, in qualità di sceneggiatore, come "Psychometrer Eiji" (1996 - 2000, disegni di Masashi Asaki) "Get Backers" (1999 - 2007, tratteggiato da Rando Ayamine), "Psycho Busters" (2006 - 2008, illustrato da Akinari Nao), "Area no Kishi" (2006 - 2017, disegni di Kaya Tsukiyama), "Bloody Monday" (2007 - 2009, parte grafica di Kōji Megumi) "Code: Nostra" (2021 - 2022, il tratto per l'occasiona è di Hideyuki Akashi) e la varie serie di "Kindaichi Shōnen no Jikenbo".
In particolare "Kami no Shizuku" (2004 - 2014), assistito dalla brava disegnatrice Shu Okimoto, ottiene un particolare riscontro all'estero. Il successo dell'opera conduce sia alla collaborazione tra diverse nazioni per la serie in live-action del 2023 nota in Italia con il nome di "Nettare degli dei" sia alla prestigiosa onorificenze insignita dal governo francese, con il titolo di cavaliere dell'ordine delle arti e delle lettere.
Molte delle sue opere ottengono adattamenti animati. Uno dei suoi lavori, Blue Fight: Aoki Wakamonotachi no Breaking Down, viene adattato in un film con Takashi Miike alla regia, e successivamente in un manga.
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