Nato a Nikaho, città giapponese della prefettura di Akita, fin da bambino si è dedicato molto al disegno. Il suo anno di nascita è incerto, in quanto la casa editrice Shogakukan riporta come sua data di nascita il 1992, Shihei Lin (lo storico editor di Fujimoto) e Shueisha indicano, in accordo con Oricon, il 1993. Da bambino ha l'opportunità di leggere vari manga come Claymore e Grappler Baki. Tali letture lo hanno indirizzato verso la Jump SQ.
Nella sua infanzia voleva frequentare una qualche scuola preparatoria, ma non essendo possibile si è adattato a frequentare i corsi di disegno a cui prendevano parte anche i suoi nonni. Durante i primi anni delle superiori si è dedicato a caricare webcomic di sua creazione sul sito di pubblicazione della Shintosha. Nel 2011 pubblica il suo primo one-shot intitolato "Niwa ni wa Niwa Niwatori ga ita", nominato per il premio mensile della Jump Square, l'opera viene in seguito pubblicata per la piattaforma online Shōnen Jump+ nel luglio del 2017. Da quel momento cerca, senza mai perdersi d'animo, di far pubblicare i suoi lavori, arrivando in seguito al punto di inviare una storia diversa al giorno. Nel 2013 ottiene i primi successi grazie alle sue tantissime opere autoconclusive proposte. Dopo "Seigi no Mikata", "Kami Hikōki" e "Sasaki-kun ga Juudan Tometa" con "Koi wa Moumoku" ottiene la menzione d'onore al premio Jump SQ. Crown per autori emergenti, dal giudice Takeshi Konomi nel novembre. L'opera, insieme ad altre, verrà poi pubblicata nella raccolta dell'autore chiamata "Tatsuki Fujimoto Short Stories 22-26".
Si laurea in pittura occidentale nel 2014 all'università di arte e design di Tohoku a Yamagata. Dopo altri piccoli lavori, in vista della sua prima opera lunga, decide di trasferirsi a Tokyo. Il 18 aprile del 2016 inizia la serializzazione di "Fire Punch", una storia di vendetta dai toni oscuri. L'opera, terminata nel 2018, si rivela un successo anche di critica venendo candidata al decimo Manga Taishō (il premio andrà a "Hibiki - Shousetsuka ni Naru Houhou").
Durante la serializzazione di Fire Punch molti assistenti poi diventati celebri affiancano Fujimoto, tra cui Yuji Kaku (rinomato per Jigokuraku - Hell's Paradise), Tatsuya Endō (noto per Spy X Family) e Yukinobu Tatsu (famoso per Dandadan). A loro nel tempo si aggiungono altri, comeToru Kuramori (autore di Centuria). Poco tempo dopo la fine della sua opera si dedica a "Chainsaw Man", il suo lavoro più celebre. La serializzazione inizia il 3 dicembre 2018 sulla rivista Weekly Shōnen Jump per poi terminare inizialmente il 13 dicembre 2020. L'autore decide di continuare la sua opera con un nuovo arco, con qualcosa di completamente diverso rispetto a quanto visto in precedenza, e, volendo quasi evidenziare tale cambiamento, l'opera si sposta sulla rivista Shōnen Jump+ dal 13 luglio del 2022.
Il suo editor stimola l'inesauribile fantasia dell'autore grazie all'invio di un cospicuo materiale a cui attingere, tra cui film e manga. Diverse scene verranno completamente rielaborate nel suo stile per fare la comparsa nella sua opera più longeva, e il taglio cinematografico sarà sempre un suo tratto distintivo. Il manga parla del contratto stipulato tra il povero Denji e il demone Pochita dall'aspetto docile, ottenendo in cambio spaventosi poteri, e riscuote un grandissimo successo di pubblico e critica. Tra i numerosi premi vinti si ricorda il 66° Shogakukan Manga Award come miglior shounen e per ben tre anni consecutivi, dal 2021 al 2023, l'Harvey Awards come miglior manga. Nel 2022 per la prima volta nella sua carriera una sua opera riceve un adattamento animato. Lo studio Mappa cura la trasposizione animata della parte iniziale di Chainsaw Man.
Nel periodo di pausa della sua opera più celebre Fujimoto ritorna, con rinnovata energia, alle opere brevi come un tempo, riuscendo a pubblicare alcuni lavori prestigiosi come "Look Back" (apparso sulla piattaforma online Shōnen Jump+ il 19 luglio del 2021, poi pubblicato in formato cartaceo nel mese di settembre) e, ripetendo il percorso precedente, "Goodbye, Eri". Il secondo, un racconto di 200 pagine, riceve numerose candidature a premi importanti tra cui l'Eisner Award nel 2024.
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