Nato e cresciuto nella regione dell'Hokkaido, inizia a disegnare da bambino, colpito da Ai to Makoto di Ikki Kajiwara e delle storie di Go Nagai. Al sesto anno delle elementari i suoi disegni diventato piccole storie a tema comico, o brevi parodie di qualche serie animata televisiva per far divertire i suoi compagni.
Alle superiori si unisce a un club dove crea una storia. Inizialmente voleva intraprendere la carriera di animatore, ma pensando di poter essere anche il regista dei propri manga, ottenendo una maggiore libertà, decide di scrivere le proprie opere per pubblicarle. Con il nome di "Mari Aizawa" pubblica diverse storie erotiche tra cui "Tokyo SEX-Y Club" pubblicato dalla casa editrice Tokyo Sanseisha nel giugno del 1987. Fan di "Initial D", nelle sue opere vene ispirato da "Akira". Inizialmente scrive opere di fantascienza e mecha inviandole, senza successo, agli editori. All'età di 17 anni si trasferisce a Tokyo per cominciare a dedicarsi ai manga.
Debutta nel 1989 con la storia breve "LOVE YOU" pubblicata su Magazine Fresh della Kodansha. La sua prima storia riguarda la sfortunata confessione d'amore del giovane Hideki Yuu e l'imprevedibile seguito. Nello stesso anno si dedica a "Adesugata Junjou Boy" e il 26 settembre del 1990 inizia la serializzazione del suo primo manga di successo, "Shonan Junai Gumi", una commedia in cui viene introdotto uno dei personaggi più noti al grande pubblico tra quelli creati dall'autore, Eikichi Onizuka, pubblicato fino al 1996. L'opera ottiene anche una trasposizione in una serie OAV nel 1994.
Onizuka torna, in vesti molto diverse rispetto al passato, come professore nel manga più celebre dell'autore, "GTO". Per l'occasione viene affiancato da un editor d'eccezione, Shin Kibayashi. Serializzato a partire dal giorno 8 gennaio del 1997 l'opera incontra il favore dei lettori ma anche della critica vincendo nel 1998 la 22ª edizione del premio Kodansha per i manga nella categoria miglior shōnen.
Il grande successo di pubblico, con oltre 50 milioni di copie in circolazione, porta a diverse trasposizioni tra cui una seria animata di 43 episodi e tanti adattamenti in live-action. La serie termina nel 2002 per quanto a più riprese l'autore ritorna sulla sua opera più celebre. Fujisawa successivamente pubblica molti manga spaziando tra i generi trovando un primo successo con Tokkou (2003 - 2006) e "Kamen Sensei" (2006 - 2007). Le due opere ottengono un seguito nel 2013, nel caso di "Tokkou Zero" lascia i disegni a Yukai Asada, e diversi adattamenti. A partire dal 2011 preferisce concentrarsi sulla sceneggiatura delle proprie opere lasciano i disegni ad altri artisti. Una delle poche eccezioni riguarda il seguito di "Soul Reviver", l'opera originale scritta nel 2011 con di disegni di Manabu Akishige vede negli anni 2015-2016 aggiungersi una serie successiva chiamata "Soul Reviver South", scritta e disegnata interamente dall'autore.
Ha lavorato come assistente di Tatsuya Egawa ai tempi in cui lavorava su "Be Free!" per sei mesi. Nel corso degli anni molti assistenti hanno prestato il loro aiuto a Fujisawa, tra loro alcuni sono poi diventati celebri come Rando Ayamine, Dynamic Taro, Takayuki Hirasawa e Akitsugu Mizumoto. Il 12 ottobre 2010 sposa l'attrice Ayano Sugiyama, la donna ne fa annuncio sul suo blog. Il 20 febbraio 2011 è nata la loro prima figlia e il 30 aprile del 2015 la seconda figlia.
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