Nato ad Asahikawa, capoluogo della sottoprefettura di Kamikawa (Hokkaidō). Da bambino ama leggere fumetti e libri, soprattutto storie dove si racconta dei fantasmi e in generale di eventi soprannaturali, costatando come nella maggior parte dei casi i protagonisti finiscono per soccombere. Crescendo la sua più grande influenza risiede nel racconto breve "Yami wo kakeru manazashi", una storia horror di Rumiko Takahashi. Legge per la prima volta una storia dove un comune essere umano prevale sul mostro ritenuto invincibile. In quel momento, durante l'estate nel suo terzo anno di scuole superiori, sviluppa il sogno di diventare autore di manga.
Alle superiori fonda un gruppo di studio manga con i suoi amici. In quel periodo incontra Yoshikazu Yasuhiko a cui chiede dei consigli su come disegnare, la risposta, quella di partire dalle sopracciglia quando si disegna una persona, diventa un suo stile anche dopo essere diventato professionista. Per l'autore la parte fondamentale di un disegno è il riuscire nell'esprimere l'emozioni provate dai personaggi. Nel modo in cui si disegna le sopracciglia puoi far comprendere subito quando una persona è tesa, arrabbiata o depressa.
Nel 1983 si trasferisce a Tokyo per frequentare l'università. Vari sono i club a cui partecipa, come quello dei manga, dell'animazione e sulla fantascienza, disegnava illustrazioni per romanzi e partica Xingyiquan (arte marziale cinese). Svolge attività di assistente di Yoshitō Asari per circa due anni. Dopo aver conseguito la laurea alla Nihon University chiede ai suoi genitori di attendere un anno, in quel lasso di tempo si sarebbe deciso il suo futuro.
Per sostenersi economicamente lavora presso un minimartket e intanto lavora su "Renrakusen Kitan", una serie breve raccolta insieme ad altre e pubblicata con il titolo di "Yoru no Uta". L'opera partecipa al22° Shogakukan Newcomer Comics Award e viene inziialmente pubblicata in un'edizione speciale di Weekly Shonen Sunday. Scrive per ragazzi e non ai giovani uomini, convinto di come per tutti le prime letture siano state quelle per ragazzi. Le considera opere capaci di formare, di dare sensazioni forti e ricordi indelebili per il resto della vita ai lettori, non importa il genere, comico o d'azione, la reazione del lettore crea i gusti delle persone.
A tal proposito parla di "Devilman" di Go Nagai come un valido esempio della sua affermazione. A tal proposito è ben consapevole di come, nello scrivere per un pubblico molto giovane, deve trattenersi con la violenza nelle sue opere, pur desiderando spingersi oltre, per non far fuggire i suoi lettori.
Sceglie Sunday come rivista con cui lavorare in quanto è la stesa dove lavorano o hanno lavorato autori di manga di cui ha profonda stima, tra cui Takahashi e Fujihiko Hosono. Dopo aver debuttato cambia redattore trovandosi a proprio agio con Masaaki Musha. La sua filosofia, secondo cui sono i personaggi avvincenti, più della storia a contare per il successo ben si sposa con quella di Fujita, dove in ogni sua storia racconta della crescita dei protagonisti.
Ai tempi la rivista Sunday è soprattutto legata allo sport, la sua idea di creare un fantasy non viene subito ben accolta. Ricrea più volte ll "name" originale e alla fine nella discussione con Musha, parla di uno yokai e di un giovane utilizzatore di una lancia, al posto della spada come si era inizialmente pensato, l'idea convince tutti. Nasce "Ushio to Tora" (1990 - 1996) un grande successo dagli oltre 30 milioni di copie in circolazione. Opera vincitrice del trentasettesimo premio Shōgakukan per i manga, categoria Shōnen, e nel 1997 il premio Seiun come miglior fumetto, poi adattata anche in anime.
Quando l'opera viene serializzata gli assistenti, poi diventati celebri, su cui poteva contare Nobuyuki Anzai e Kazuo Inoue rimangono increduli alla notizia. Per Fujita bisogna perseverare, impegnarsi senza mai arrendersi e poi tutto andrà per il verso giusto. Con i suoi assistenti lavora insieme quattro giorni e mezzo a settimana, per lui è importante stringere un buon rapporto con ognuno di loro ritenendoli tutti sono importanti allo stesso modo.
Solo in una spiacevole occasione uno dei suoi assistenti lascia il lavoro senza dirglielo apertamente, ma solo tramite una lettera. L'uomo non ottiene poi successo come autore di manga, lasciando completamente tale mondo lavorativo. Fujita lo usa come monito per i suoi assistenti. Stringe buoni rapporto anche con altri autori del suo stesso periodo, ricorda la generosità di Ken'ichi Muraeda e l'estro di Kazuhiko Shimamoto.
Ha occasione di incontrare Rumiko Takahashi e Mitsuru Adachi e il suo redattore gli consiglia di non tentare di imitarli avendo tecniche molto particolari e difficilmente ripetibili. Si dedica a "Karakuri Circus" (1997 - 2006). Altro successo con 15 milioni di copie in circolazione e un adattamento anime.
Dopo averlo terminato fa un breve excursus nelle riviste seinen, come Big Comic Spirits e Morning. L'autore inizialmente è nervoso, non sapendo bene come comportarsi con un pubblico diverso, ma viene tranquillizzato dal comportamento e dalle parole dei redattori delle varie riviste, in particolare da quelle di Kohei Furukawa, responsabile dell'epoca della rivista Morning. Nel 2008 torna su Shonen Sunday con "Moonlight Act - L'editto della Luna" (2008 - 2014), felice di essere tornato a scrivere in una rivista per ragazzi, avrebbe voluto rendere ancora più giovane il protagonista.
Nel 2012, insieme ad altri 7 autori, tra cui Rumiko Takahashi, partecipa al progetto "Heroes Comeback" nato per aiutare le persone colpite dal terremoto e maremoto del Tōhoku del 2011, realizzando un capitolo autoconclusivo di Ushio e Tora devolvendo i ricavi alle aree colpite dal disastro. Successivamente crea "Souboutei Kowasu Beshi - Distruggete Sobutei!!" (2016 - 2021), altra opera di successo.
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