Nel 1992 quattro collaboratori della GAINAX, Mahiro Maeda, Shinji Higuchi, Shōji Murahama e Hiroshi Yamaguchi fondano una nuova compagnia, Gonzo. La ditta si occupa inizialmente di produzione di videogiochi per Playstation e Sega Saturn, per poi entrare nell'animazione con la serie OVA in computer grafica Blue Submarine No.6 del 1998. Tra il 1999 e il 2000 vi sono alcuni cambiamenti nella struttura aziendale della società, e dall'unione tra Gonzo e Digimation viene creato il Gruppo GDH (Gonzo Digimation Holding), che si occupa di animazione, videogiochi e musica e di cui Gonzo diventa una filiale. Nel 2002 Gonzo si fonde con Digimation dando vita alla Gonzo Digimation. Molti dei lavori realizzati in quel periodo (come Last Exile) vengono tuttavia ancora spesso accreditati alla sola Gonzo, e nel 2004 la compagnia cambia nuovamente il suo nome in Gonzo. Nel 2008 Gonzo decide di tentare la via dello streaming, distribuendo su internet alcune delle sue serie con lo slogan "Pagate quello che volete", ispirato all'iniziativa simile realizzata dal gruppo musicale Radiohead. A meno di un anno dall'iniziativa, Gonzo si ritrova in difficoltà finanziarie, tanto da dimezzare la sua produzione di anime, diminuire gli studi di produzione e addirittura chiedere licenziamenti volontari a un quarto dei suoi dipendenti. Ormai sull'orlo della bancarotta, Gonzo viene ristrutturata e si fonde con la compagnia madre GDH, mantenendo tuttavia il nome Gonzo. Il nome della compagnia è ispirato all'italiano "Gonzo", nella speranza dei fondatori di comportarsi in modo saggio senza diventare degli stupidi (gonzi, appunto).

Il primo prodotto d'animazione realizzato dallo studio è Blue Submarine No.6, miniserie OVA in 4 episodi pubblicata tra il 25 ottobre 1998 e il 25 marzo 2000. Si tratta di una storia a tematica ambientalista e anti-razzista ambientata in un mondo post-apocalittico con un importante utilizzo della CG, specialmente nella definizione dei sottomarini e delle battaglie subacquee.
 
 
Il livello delle acque è salito tanto da sommergere alcune grandi città e le navigazioni nei mari e nelle città costiere sono minacciate da una nuova razza di umanoidi con sembianze di pesci. Questa razza intelligente e guerrafondaia è guidata da un crudelissimo uomo squalo ed è dotata di una corazzata marina altamente tecnologica e con un potenziale bellico estremamente elevato. Il Blue Submarine No. 6 cerca di opporsi loro e fermarli, ma ha sia problemi interni al proprio equipaggio che uno svantaggio dal punto di vista militare. Inoltre alcuni membri dell’equipaggio inizieranno ad interrogarsi se la loro missione sia davvero quella giusta, e se la nuova razza non abbia gli stessi loro diritti di vivere in questo, già pesantemente devastato dall’uomo, pianeta.

La miniserie, trasmessa anche durante l'MTV Anime Night, è attualmente disponibile in DVD per Dynit.
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